Ngay từ khi thành lập (2007), Vietjet Air đã đăng ký độc quyền thương hiệu VietAir tại đơn số 24503, cho nhóm hàng 39 (dịch vụ vận tải hàng hóa và hành khách bằng đường hàng không) và các dịch vụ khác liên quan đến lĩnh vực hàng không. Mãi đến tháng 11 năm 2008, Vietnam Airlines gửi kháng nghị đến Cục Sở hữu Trí tuệ đề nghị không cấp giấy chứng nhận đăng ký nhãn hiệu VietAir cho Vietjet. Lý do đưa ra là Vietnam Airlines đã sử dụng về mặt thực tế từ tháng 9 năm 1992 thương hiệu Viet Air trên các chuyến bay quốc tế đến Đài Loan. Bên cạnh đó, Vietnam Airlines từng đã trình đề án tái tổ chức một hãng con là VASCO trở thành một hãng hàng không cổ phần mang tên Viet Air[3].

Lập luận bác bỏ của Vietjet Air đưa ra là tuy Vietnam Airlines sử dụng từ lâu nhưng hãng này đã không tiến hành các thủ tục để đảm bảo quyền sở hữu thương hiệu tại Việt Nam. Theo luật pháp Việt Nam, thì đơn vị đăng ký trước có ưu thế trong việc đăng ký thương hiệu. Hơn nữa, thương hiệu VietAir và Viet Air mặc dù chữ viết có khác nhau (ở dấu cách) nhưng phát âm hoàn toàn giống nhau, nên dễ gây hiểu nhầm. Do đó, thương hiệu Viet Air của đối thủ cạnh tranh sẽ ảnh hưởng đến thương hiệu của hãng.

Vụ tranh chấp này được cho là bắt nguồn từ thế mạnh gần như độc quyền của Hãng hàng không quốc gia mà Vietnam Airlines nắm giữ. Hãng này từng lên tiếng phản đối các vụ mua bán cổ phần cho các đối tác hàng không nước ngoài của Jetstar Pacific và sau là Vietjet Air[7]. Vì vậy, dù đã qua 2 năm, tranh chấp vẫn chưa kết thúc.

Một rắc rối khác về thương hiệu là khi có sự hiện diện của cổ đông nước ngoài AirAsia. Hãng mong muốn hợp tác khai thác thị trường nội địa Việt Nam dưới thương hiệu Vietjet AirAsia. Tuy nhiên, ý định này không nhận được sự chấp thuận của Bộ Giao thông Vận tải và Cục Hàng không Dân dụng Việt Nam. Vì vậy, trong tháng 3 năm 2011, hãng đã ngỏ ý muốn rút vốn khỏi VietjetAir.[8], đến tháng 10 năm 2011, AirAsia đã chính thức làm thủ tục rút vốn khỏi Vietjet Air[9]